Registro.br
Se você optou por um domínio brasileiro, com terminação .br, não há porque usar intermediários, faça o registro diretamente no site do comitê gestor.
Dynadot
Bastante confiável, aceita pagamentos por cartão de crédito, Paypal e Moneybookers. O painel de administração é bastante completo, mas de utilização um pouco complexa.
E-Domínios
Excelente opção para registro de domínios internacionais. Aceita pagamento por boleto bancário, depósito ou transferência. Painel de administração bastante simples e prático.